醫療廢水來源廣泛且具有大量的病原細菌、病毒和化學藥劑，成分復雜。常見的有口腔科、各類檢驗室、放射科、各類實驗室及病房日常生活污水等，不同科室與部門產生的污染物成分各不相同。

醫療廢水的處理要經過多次消毒，主要的消毒環節一般安排在整個工藝末端，假如使用二沉池可能無法*清除一些零散的夾帶病原的污泥絮體。

醫療廢水具有季節性、周期性差異，水量波動較大，與醫院規模、床位數、就診人數、工作人員人數及季節等因素有關，晝夜、早晚排放量差距較大。

醫療廢水中含有酸、堿、懸浮固體、COD、化學藥劑和重金屬等有毒有害物質，部分具有致癌、致畸或致突變性；同位素治療和診斷產生放射性污水，存在較大的環境風險。